ในทางธรรมชาตินั้น พืชจะได้รับทั้งสารอาหารและจุลินทรีย์ดีจากซากอินทรีย์วัตถุที่ทับถมกันและย่อยสลายโดย soil food web จนกลายเป็นฮิวมัส ซึ่งสามารถพบได้ในบริเวณหน้าดินหรือ top soil เป็นวัสดุอินทรีย์สีน้ำตาลเข้มที่ย่อยสลายแล้ว
ฮิวมัส เปรียบเสมือนปุ๋ยที่ดีที่สุดที่สร้างขึ้นโดยธรรมชาติและเป็นตัวแปรสำคัญที่จะคอยเติมเต็มธาตุอาหารทั้งหลักและรอง รวมถึงจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์สำหรับดินและพืชอย่างสม่ำเสมอ แต่สำหรับพืชที่ปลูกตามครัวเรือนหรือพืชในกระถางนั้น การสะสมและย่อยสลายของอินทรีย์วัตถุย่อมเกิดขึ้นไม่เพียงพอ ปุ๋ยหมักจึงเข้ามามีบทบาทในการทำหน้าที่สำคัญนี้แทนฮิวมัสนั่นเอง
ปุ๋ยหมัก
ผลลัพท์จากการย่อยสลายทางชีวภาพที่มนุษย์สร้างขึ้น โดยใช้ซากพืชและมูลสัตว์เป็นวัตถุดิบตั้งต้น จากนั้นจึงผ่านกระบวนการหมักซึ่งมักกินระยเวลาประมาณ 60 วัน จนวัตถุดิบแปรสภาพมาอยู่ในรูปของปุ๋ยหมักหรือ compost และมักใช้งานในลักษณะโรยหน้าดิน (top feeding) เพื่อทดแทนฮิวมัสอย่างสม่ำเสมอ
น้ำหมัก
เนื่องจากปุ๋ยหมักหรือแหล่งอาหารที่เป็นอินทรีย์วัตถุ จะต้องผ่านกระบวนการและกิจกรรมของจุลินทรีย์ใน soil food web ก่อนที่พืชจะสามารถนำอาหารไปใช้ได้ซึ่งอาจใช้เวลา การใช้น้ำหมักที่พืชสามารถดูดซึมและนำไปใช้ได้ทันทีจึงเข้ามาเป็นส่วนเสริมที่มักใช้ควบคู่กันไปกับปุ๋ยหมักได้อย่างมีประสิทธิภาพ และยังสามารถใช้สำหรับการฉีดพ่นทางใบได้อีกด้วย
