Integrated pest management หรือการจัดการศัตรูพืชแบบบูรณาการ สำหรับการปลูกพืชอินทรีย์นั้นจะเป็นการควบคุมและกำจัดโดยเลือกวิธีการทางธรรมชาติที่ไม่รบกวนหรือมีผลเสียต่อสิ่งมีชีวิตและสิ่งแวดล้อม
เช่น การใช้แผ่นกับดักกาวสีเหลืองหรือกับดักน้ำตาลเพื่อล่อและตรวจสอบชนิดของศัตรูพืชในพื้นที่ หรือการใช้น้ำหมักจากพืชสมุนไพรและน้ำส้มควันไม้จากไม้สะเดาเพื่อการขับไล่และป้องกันทั่วไปเบื้องต้น ตลอดจนการใช้อินทรียวัตถุ เช่น ดินไดอะตอมหรือ diatomaceous earth เพื่อควบคุมไรและเพลี้ย
รวมถึงการใช้ประโยชน์จากเหล่านักล่า ศัตรูตามธรรมชาติของศัตรูพืช หรือ ตัวห้ำ ตัวเบียน เช่น ด้วงเต่า แมลงช้างปีกใส มวนเพชฌฆาต แมลงปอ ซึ่งถูกดึงดูดด้วยความหลากหลายทางชีวภาพของพืชพันธมิตรนั่นเอง
นอกจากนี้ยังสามารถใช้เชื้อราและแบคทีเรีย รวมถึงไส้เดือนฝอยที่มีคุณสมบัติในการกำจัดและทำลายแมลงร่วมกันไปได้อย่างดี เช่น
เชื้อรา
ไตรโคเดอม่า กำจัดเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคทั้งในบริเวณรากและพื้นผิวต้นพืช เมธาไรเซียม ควบคุมและทำลายปลวก, เพลี้ยไฟ, แมลงวันผลไม้ บิวเวอเรีย กำจัดเพลี้ยอ่อน, เพลี้ยไฟ , หวี่ขาว, หนอน, ไรแดง พาซิโลมัยซิส ควบคุมและทำลายไข่แมลงส่วนใหญ่
แบคทีเรีย
บาซิลลัส ทูรินเจียนซิส (Bacillus thuringiensis var. Israelensis) เพื่อทำลายตัวอ่อนของแมลงและกำจัดไข่ยุงลาย
บาซิลลัส ซับทิลิส ป้องกันและรักษาโรคของพืชจากแบคทีเรีย รวมทั้งเร่งการสลายตัวของอินทรียวัตถุ
ไส้เดือนฝอย
Steinernema Siamkayai หรือ Steinernema feltiae nematodes เพื่อทำลายตัวอ่อนของแมลง เช่น ตัวอ่อนของบั่วรา (fungus gnat)
